คณะเทคโนโลยีการประมงและทรัพยากรทางน้ำ ได้ก่อตั้งขึ้นเมื่อปี พ.ศ. 2527 เดิมเป็นสาขาประมงน้ำจืด สังกัดภาควิชาเทคโนโลยีทางสัตว์ เริ่มรับนักศึกษาระดับปริญญาตรีรุ่นแรกในปีการศึกษา 2527 หลักสูตร 2 ปีต่อเนื่อง สาขาวิชาประมงน้ำจืด (ทษ.บ.) มีนักศึกษารุ่นที่ 1 จำนวน 36 คน ต่อมาในปี พ.ศ. 2532 ได้แยกตัวออกจากภาควิชาเทคโนโลยีทางสัตว์มาจัดตั้งหน่วยงานใหม่เป็นภาควิชาเทคโนโลยีการประมง สังกัดคณะผลิตกรรมการเกษตร เมื่อวันที่ 18 สิงหาคม พ.ศ. 2532 ต่อมาในปี พ.ศ. 2536 ได้เปิดสอนนักศึกษาระดับปริญญาตรี วิทยาศาสตรบัณฑิต (วท.บ.) หลักสูตร 2 ปีเทียบเรียน สาขาวิชาการเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำ และหลักสูตร 4 ปี จำนวน 3 หลักสูตร คือ สาขาวิชาการเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำ สาขาวิชาการจัดการประมง และสาขาวิชาชีววิทยาประมง คณะเทคโนโลยีการประมงและทรัพยากรทางน้ำ ได้รับการอนุมัติจัดตั้งจากสภามหาวิทยาลัยแม่โจ้ ให้เป็นหน่วยงานระดับคณะ เมื่อวันที่ 20 มีนาคม พ.ศ. 2548 ปัจจุบันมีการจัดการเรียนการสอนทั้งในระดับปริญญาตรี และระดับปริญญาโท ทางด้านเทคโนโลยีการประมง มีภารกิจหลัก 4 ด้าน คือ ด้านการเรียนการสอน การวิจัย การบริการวิชาการ และทำนุบำรุงศิลปวัฒนธรรม